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        成功案例
        Cas9基因敲除細胞系構建

        時間:2020-08-05 10:38:00 瀏覽:1418次


        【項目評估】

        基因組信息分析

        **  [ Homo sapiens (human) ]

        Gene ID: **, updated on 2-Aug-2020



        **基因具有3個轉錄本NR_002**.2 、NR_131**.1、NR_131**.1。需要在轉錄本的重疊位置設計靶點,進行敲除,3轉錄本具有多個重復區域,可以設計出合適靶點。

        細胞株分析

        細胞敲除是否成功細胞培養影響很大,要求細胞株可以持續傳10代以上不能分化,而且需要較好的增值能力(因為需要培養細胞克?。?,細胞增值慢實驗周期會比較長,本實驗方案使用A375細胞株,可以達到實驗要求。


        【項目報告】

        1、基因組信息

        Homo sapiens chromosome 11, GRCh38.p7 Primary Assembly

        NCBI Reference Sequence:**

        在第2-5顯子上下游分別設計靶位點(外顯子紅色字體)

             7621 gcgctgcacc catcccagaa tcccccaccc tggaaccccc atcccccttt tcatgtactc

             7681 ctccccatgc cccccagccc ccctctgccc aaggctggcc tcccccacat catgcccaca

             7741 gcccggattc cagagtcctc gagacaaatt gctgtaacag tgtttattga tgatgagtcc

             7801 agggctcctg ctgaagccct ggtggggagg ggcacagagc gagatggggc gtaatggaat

             7861 gcttgaaggc tgctccgtga tgtcggtcgg agcttccaga ctaggcgagg gcagggtgag

        ……

             8881 aggaaggccg gacgcgcctc ctctgtcctc gccgtcacac cggaccatgt catgtcctgc

             8941 ttgtcacgtc caccggacct ggcgtcttgg ccttcggcag ctggtgggca cgtccacccc

             9001 agctggagac ctggctgtgg ggagaacgag agagtcgtgt ggggagaacg tgttggttgt

             9061 gtggggaggg gcgggtgggg gctgagggtg gcagaggggg aaaaactcac cctcgtctcc

             9121 agcccgaacg ctgaggcacc gatcccggct ccgtcgccgc ccgcgaggcc cgccttggcc

        靶點設計:

        在線工具:http://crispr.mit.edu/

        上游

        Target-1

        GACTCTGGAATCCGGGCTGT

        Target-2

        GGACTCTGGAATCCGGGCTG

        下游

        Target-3

        GTCCGGTGGACGTGACAAGC

        Target-4

        GGCCAAGACGCCAGGTCCGG

        2、構建載體px458- **-T1、px458- **-T2、 px458-**-T3和px458- **-T4

        3、轉染

        (1)去內毒素質粒提取(詳細步驟參見PureLink? HiPure Plasmid FP (Filter and Precipitator) Maxiprep Kit)

        (2)轉染(步驟詳細參見Lipofectamine? 3000 Reagent)

        (3)流式分選轉染陽性細胞

        (4)細胞克隆培養

        將轉染回收的GFP陽性細胞,采用極度稀釋的方法,將細胞放入10cm培養皿中培養,帶觀察到明顯的細胞克隆,將細胞細胞克隆傳代至96孔板,再繼續傳代至6孔板。

        如圖:

        (5)活性檢測

        PCR產物凝膠瓊脂糖電泳檢測顯示,第6和第8細胞克隆靶位點區域條片段缺失較大,將68細胞克隆測序進一步檢測靶點突變情況。

        4、測序鑒定

        PCR擴增**靶位點序列,測序篩選,最終篩選得到**基因大片段敲除的細胞克隆。

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