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        基因組/代謝組學
        lncRNA測序

        時間:2020-07-21 15:06:00 瀏覽:1944次


        長鏈非編碼RNA(Long non-coding RNA, lncRNA)是長度大于 200 個核苷酸的非編碼 RNA。通過與DNA、RNA或蛋白質結合,在表觀遺傳、轉錄及轉錄后等水平調控基因表達,與人類疾病發生發展有密切聯系。lncRNA-seq主要分析研究細胞或者組織在某個特定時期轉錄出的所有lncRNAmRNA。


        技術路線

        案例分析

        采用RNA-seq測序技術,對14個中國前列腺癌病人的轉錄組進行全面分析,結果在每個樣本中平均發現了1599個已知的lncRNA。通過腫瘤樣本和正常樣本進行分析,發現了406個有差異表達的lncRNA。該研究找到了中國人群特異的融合基因,同時還鑒定了大量的差異表達的lncRNA。通過對lncRNA和基因表達的關系分析顯示,lncRNA有可能有轉錄調控之外的其他功能。這些研究結果為進一步了解前列腺癌的診斷、發病演化機制和種族差異性提供了新的線索。

        1 137個差異表達的lncRNA對基因表達的分析

        2 lncRNA中的DD3,FR0257520,FR0348383,MALAT1在前列腺癌和正常對比


        參考文獻

        [1]Lin M F, Regev A, Pauli A, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis[J]. 2013.

        [2]Ren S, Peng Z, Mao J H, et al. RNA-seq analysis of prostate cancer in the Chinese population identifies recurrent gene fusions, cancer-associated long noncoding RNAs and aberrant alternative splicings[J]. Cell research, 2012, 22(5): 806-821.

        [3]Pauli A, Valen E, Lin M F, et al. Systematic identification of long noncoding RNAs expressed during zebrafish embryogenesis[J]. Genome Research, 2012, 22(3): 577-591.

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