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        蛋白質組學
        SWATH 定量蛋白質組學

        時間:2020-07-20 14:49:00 瀏覽:2071次


        SWATH(Sequential Window Acquisition of all Theoretical fragment ions)是瑞士蘇黎世聯邦理工學院的 Ruedi Aebersold 博士及其團隊與 AB-SCIEX 于 2012 年聯合推出的一項全新的質譜采集模式技術。SWATH技術具有靈敏度高,重現性強,準確度高,高通量,線性動態范圍大等優點。傳統的質譜數據采集方式為數據依賴型(Data-dependent acquisition,DDA)采集方式也叫做 Shot-gun 法,在一級質譜掃描中,根據母離子的強度高低來選擇母離子進行串聯質譜的掃描,得到二級譜圖在蛋白數據庫進行搜索。這種掃描方式會丟失大量有用的譜圖,同時重復性較差。

        SWATH 采集模式是一種新型的 MS/MS 掃描技術,屬于數據非依賴型采集方式(Data-independent acquisition,DIA)。DIA按照設定的方法,將所有的母離子都進行串聯質譜掃描。SWATH 根據酶解肽段的質荷比和洗脫時間來設計采集二級譜圖的離子窗口。以掃描范圍 400~1200 為例,m/z 25 作為一個掃描間隔(SWATH),每個 SWATH 掃描時間設定為100ms,那么該掃描范圍累計需要 32個掃描窗口,完成一次掃描僅需要 3.2秒。


        SWATH流程圖如圖所示,分為以下幾個步驟:

        1)蛋白質的提取,酶解和純化。

        2)酶解后的肽段進行 shotgun檢測,用 proteinpilot進行數據庫檢索,得到蛋白定性

        3)根據 shotgun 的檢測結果,確定 SWATH 的掃描間隔等質譜參數,進行樣本的 SWATH檢測,每個樣本重復檢測3次。

        4) 用shotgun 的檢索結果建立離子譜圖庫,SWATH樣本檢測到的譜圖信息使用Peakview在離子庫中進行蛋白的匹配和定量信息的提取。

        5)將Peakview導出的蛋白結果導入到 Makerview進行數據處理,得到蛋白定量結果。

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