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        基因組/代謝組學
        lnRNA/轉錄組測序

        時間:2020-07-17 17:31:00 瀏覽:2102次


        轉錄組測序

        轉錄組測序是基于HiSeq平臺,對待特定組織或者細胞在某個時期轉錄出來的所有mRNA進行測序,即可研究已知基因,亦能發掘新基因,全面快速地獲得mRNA序列和風度信息。


        案例分析

        案 例 通過RNAseq技術全面解析乳腺癌組織中的可變剪切形式

        乳腺癌組織由特定形式的轉錄本發揮特殊功能,本研究應用RNAseq技術獲得了三種典型乳腺癌組織TNBC、non-TNBC和HER2陽性乳腺癌的轉錄本信息。該研究發現了新可變剪切形式和可變剪切后的新轉錄本,進一步研究發現,乳腺癌組織與正常乳腺組織在轉錄本表達水平和啟動子轉移水平存在顯著差異,并RT-PCR驗證CDK4,LARP1 , ADD3和PHLPP2等轉錄本形式。該研究第一次系統研究了不同亞型乳腺癌組織轉錄本利用可變剪切形式和轉錄本特異表達的情況。


        長鏈非編碼RNA測序

        長鏈非編碼RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是一類長度超過200 nt的長鏈非編碼RNA,通過與DNA、RNA或蛋白質結合,在表觀遺傳、轉錄及轉錄后等水平調控基因表達。
        測序采用Illumina HiSeq平臺進行測序,針對有參考基因組樣本開展準確的lncRNA鑒定
        和lncRNA靶基因預測,同時提供針對測序數據中mRNA的分析,結果更全面,廣泛應用于醫學、農學研究領域。

        長鏈非編碼RNA測序的特點:

        LncRNA的研究作為RNA研究的新領域,在生產、生活、健康方面具有重要意義,可通過不同的分子生物學機制調控編碼基因的表達,在生產上對物種的改良,在人類健康方面參與疾病相關的信號通路從而對疾病的發生發展及治療有重要作用。長鏈非編碼RNA測序操作步驟:

        1、研究對象的選??;

        2、提取RNA,RNA量≥2.0ug;

        3、鏈特異性文庫的構建;

        4、PE150測序(12-24Gb);

        5、信息分析,利用六步法對lncRNA進行準確篩選,高效預測靶基因,并完成對轉錄本中mRNA的分析,以及lncRNA和mRNA的比較分析、共表達網絡構建。

        四、客戶提供目的樣本:

        如動物組織、細胞等以及相關的樣本信息,需要干冰運輸

        五、服務周期:

        65天


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        生化指標檢測 蛋白雙向電泳實驗服務 腦外損傷模型
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        高血壓模型
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        過表達/干擾慢病毒包裝純化 整體課題外包 大腦中動脈阻塞模型
        過表達/干擾腺病毒包裝純化 細胞整體實驗外包 慢性之氣管炎模型
        逆轉錄病毒包裝純化 動物整體實驗外包 過敏性哮喘模型
        腺相關病毒包裝純化 肺炎大鼠模型
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        生長因子芯片 心肌成纖維細胞培養 急性腎衰竭模型
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        趨化因子芯片 內皮組細胞原代培養 裸鼠成瘤
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        膜片鉗實驗
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        細胞生物學整體實驗 全基因敲除小鼠/大鼠
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        掃描電鏡 基因定點突變細胞系 LncRNA芯片
        透射電鏡 單基因敲除細胞系 miRNA芯片
        HE染色 多基因敲除細胞系 mRNA芯片
        免疫組化 目的基因敲入細胞系 甲基化芯片(限人和小鼠來源樣本)
        Tunel(原位末端凋亡法)檢測 報告基因敲入細胞系 SNP芯片(限人和小鼠來源樣本)
        激光共聚焦 miRNA/LncRNA敲除細胞系
        免疫熒光
        Masson染色 CRISPR/Cas9動物敲除/敲入
        原位雜交 基因敲除大鼠/小鼠
        熒光原位雜交 基因敲入大鼠/小鼠
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        強迫游泳 分子藥理研究平臺 內分泌系統藥物藥效學評價
        生物膜片鉗藥物篩選平臺 抗炎免疫藥物藥效學評價
        常規藥物體外篩選

        【本平臺合作項目】
        分子生物學、細胞生物學、基因敲出/入、模式動物、SPF動物保種、病理學檢測、免疫學檢測、影像學檢測、原代培養、細胞藥篩、CRISPR/Cas9基因編輯、基因芯片、高通量測序、蛋白組學、代謝組學、高通量高內涵篩選、藥效學評價、藥理毒理學實驗、慢病毒包裝與穩轉株建立、SiRNA與納米載藥、ChIP、CO-IP、生物信息學分析、知識產權服務!
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